红曲与功能性红曲都由大米经紫红曲霉菌发酵而得。但两者所用的紫红曲霉菌的特性相差很大,其发酵工艺也不一样,所得产品的性能相差甚远,商品的售价悬殊极大。

      普通红曲的发酵工艺比较简单：大米经蒸煮后经接种在大池中敞口发酵,经过一定的工艺时间和温度后即可出料,然后烘干即为成品红曲米,其产品价格以色价高低而定。目前国内外的食品工业上都把这种红曲米做为食品着色剂用。 
      功能性红曲的发酵工艺相对复杂一些：首先菌种要筛选,并且要经过一定条件的培养,驯化和复壮等；大米经过高温高压灭菌之后接种(过程还要保证无菌操作),然后在小容器中非敞口发酵(有个高低温的控制过程),达到工艺发酵时间后即可出料,经烘干即可得功能性红曲。